Bioconductor

Bioconductor — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.

Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта.

На данный момент содержит более 2000 пакетов.

Цели проекта

Основными целями Bioconductor’а являются:

Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.

История проекта

Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.

Значение проекта

Пакеты

Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).

В скобках указано количество пакетов в группе.

Software (936) AssayDomain (299)

aCGH (12)
CellBasedAssays (38)
ChIPchip (7)
CopyNumberVariation (43)
CpGIsland (6)
DNAMethylation (38)
ExonArray (6)
GeneExpression (131)
GeneticVariability (23)
SNP (40)
Transcription (47)

BiologicalQuestion (261)

AlternativeSplicing (7)
Coverage (13)
DifferentialExpression (164)
DifferentialMethylation (8)
DifferentialPeakCalling (1)
DifferentialSplicing (6)
FunctionalPrediction (1)
GeneRegulation (21)
GeneSetEnrichment (41)
GeneTarget (1)
GenomeAnnotation (10)
GenomicVariation (6)
LinkageDisequilibrium (1)
MotifAnnotation (3)
MotifDiscovery (4)
NetworkEnrichment (13)
NetworkInference (17)
SequenceMatching (17)
SomaticMutation (4)
VariantDetection (1)

Infrastructure (186)

DataImport (82)
DataRepresentation (34)
GUI (19)
ThirdPartyClient (9)

ResearchField (193)

BiomedicalInformatics (2)
CellBiology (20)
Cheminformatics (3)
FunctionalGenomics (1)
Genetics (96)
Metabolomics (12)
Metagenomics (5)
Proteomics (65)
SystemsBiology (10)

StatisticalMethod (261)

Bayesian (15)
Classification (65)
Clustering (89)
DecisionTree (7)
DimensionReduction (2)
FeatureExtraction (2)
GraphAndNetwork (69)
HiddenMarkovModel (4)
NeuralNetwork (1)
PrincipalComponent (2)
Regression (7)
StructuralEquationModels (1)
SupportVectorMachine (1)
Survival (4)
TimeCourse (29)

Technology (591)

FlowCytometry (36)

MassSpectrometry (44) Microarray (328)

ChipOnChip (1)
MethylationArray (7)
mRNAMicroarray (3)
MultiChannel (3)
OneChannel (68)
ProprietaryPlatforms (2)
TwoChannel (53)

MicrotitrePlateAssay (13)
qPCR (9)
SAGE (9)

Sequencing (212)

ChIPSeq (40)
DNASeq (6)
ExomeSeq (3)
MethylSeq (10)
Microbiome (3)
miRNA (4)
RIPSeq (1)
RNASeq (76)
TargetedResequencing (2)
WholeGenome (3)

WorkflowStep (477)

Alignment (8)
Annotation (67)
BatchEffect (5)
ExperimentalDesign (2)
MultipleComparison (76)
Normalization (15)

Pathways (69)

GO (33)

Preprocessing (128)
QualityControl (95)
ReportWriting (25)

Visualization (218)

Network (44)

AnnotationData (895) ChipManufacturer (374)

AffymetrixChip (336)
AgilentChip (15)
IlluminaChip (19)
INDACChip (1)
QiagenChip (1)
RNG_MRCChip (2)

ChipName (195)

adme16cod (1)
ag (3)
ath1121501 (3)
celegans (3)
drosgenome1 (3)
drosophila2 (3)
h10kcod (1)
h20kcod (1)
hcg110 (3)
hgfocus (3)
hgu133a (4)
hgu133a2 (4)
hgu133b (3)
hgu133plus2 (4)
hgu95a (3)
hgu95av2 (4)
hgu95b (3)
hgu95c (3)
hgu95d (3)
hgu95e (3)
hguatlas13k (1)
hgug4100a (1)
hgug4101a (1)
hgug4110b (1)
hgug4111a (1)
hgug4112a (1)
hguqiagenv3 (1)
hi16cod (1)
hs25kresogen (1)
hu35ksuba (3)
hu35ksubb (3)
hu35ksubc (3)
hu35ksubd (3)
hu6800 (3)
HuO22 (1)
hwgcod (1)
illuminaHumanv1 (1)
illuminaHumanv2 (1)
illuminaMousev1 (1)
illuminaMousev1p1 (1)
illuminaRatv1 (1)
indac (1)
m10kcod (1)
m20kcod (1)
mgu74a (3)
mgu74av2 (3)
mgu74b (3)
mgu74bv2 (3)
mgu74c (3)
mgu74cv2 (3)
mguatlas5k (1)
mgug4121a (1)
mgug4122a (1)
mi16cod (1)
mm24kresogen (1)
moe430a (3)
moe430b (3)
mouse4302 (4)
mouse430a2 (4)
mpedbarray (1)
mu11ksuba (3)
mu11ksubb (3)
Mu15v1 (1)
mu19ksuba (2)
mu19ksubb (2)
mu19ksubc (2)
Mu22v3 (1)
mwgcod (1)
Norway981 (1)
OperonHumanV3 (1)
PartheenMetaData (1)
pedbarrayv10 (1)
pedbarrayv9 (1)
r10kcod (1)
rae230a (3)
rae230b (3)
rat2302 (3)
rgu34a (3)
rgu34b (3)
rgu34c (3)
rgug4130a (1)
ri16cod (1)
rnu34 (3)
Roberts2005Annotation (1)
rtu34 (3)
rwgcod (1)
SHDZ (1)
u133x3p (3)
xenopuslaevis (2)
yeast2 (3)
ygs98 (4)
zebrafish (3)

CustomArray (2)

CustomCDF (16)

GACustomCDF (16)

CustomDBSchema (11)

GeneCardsCustomSchema (8)

FunctionalAnnotation (13)

Organism (532)

Anopheles_gambiae (4)
Apis_mellifera (3)
Arabidopsis_thaliana (12)
Bacillus_subtilis (2)
Bos_taurus (11)
Caenorhabditis_elegans (10)
Canis_familiaris (12)
Danio_rerio (12)
Drosophila_melanogaster (15)
Escherichia_coli (12)
Gallus_gallus (9)
Gasterosteus_aculeatus (2)
Homo_sapiens (201)
Hordeum_vulgare (2)
Macaca_mulatta (7)
Mus_musculus (103)
Oryza_sativa (1)
Pan_troglodytes (6)
Plasmodium_falciparum (4)
Pseudomonas_aeruginosa (2)
Rattus_norvegicus (65)
Saccharomyces_cerevisiae (18)
Saccharum_officinarum (2)
Staphylococcus_aureus (2)
Sus_scrofa (7)
Taeniopygia_guttata (2)
Vitis_vinifera (2)
Xenopus_laevis (3)
Xenopus_tropicalis (1)
Zea_mays (2)

PackageType (524)

BSgenome (69)
cdf (126)
ChipDb (155)
db0 (19)
InparanoidDb (8)
MeSHDb (3)
OrganismDb (3)
OrgDb (19)
probe (104)
SNPlocs (1)
TxDb (17)

SequenceAnnotation (3)

miRNA (3)

ExperimentData (223) Cancer (35)

Breast (2)
Colon (2)
Kidney (1)
Leukemia (6)
Lung (1)
Ovarian (1)

ChIPchipData (1)
ChIPseqData (4)
EColiData (1)
ExpressionData (4)
HapMap (7)
HighThroughputSequencingData (9)
HIV (1)
MassSpectrometryData (7)
NormalTissue (3)
RNAExpressionData (16)
RNAseqData (19)
StemCells (1)
Yeast (10)

Релизы

Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.